위가 데레스테 3.0.1의 외부 라이브러리 파일이고, 아래가 3.0.3의 외부 라이브러리 파일입니다.
교체된 파일이 보이는데요, libmono.so와 libil2cpp.so입니다.

이 ilbil2cpp.so 라이브러리가 뭔가 하니,
IL2CPP is simply a technology which converts C# code to native C++ during compiling of the code.
(출처: http://www.sinfulandroid.net/2016/10/28/il2cpp-unity3d-game-decompiling/)
즉, 기존 데레스테가 사용하던 C# 코드를 컴파일 과정에서 C++ 코드로 바꿔주는 라이브러리입니다.

그럼 코드가 다 에셋으로 들어가고 뜯으면 이상하게 깨져서 나오는 것도 설명이 되죠. C++ 바이너리니까요.
아마 지금 생기는 여러 실행상의 문제들이 다 이것 때문이라고 추측중입니다. 완전히 구조가 바뀌었으니 안정화 기간이 필요하겠죠.
GPU 패치앱같은 경우에는 코드상의 제한 부분을 일부 수정해서 우회하는 방식으로 알고 있는데, 이러면 아예 원천적으로 그게 차단됩니다.
앱을 건들기가 현실적으로 불가능해요. 저거 뜯으려면 어셈블리어로 나오는 거 리버싱해서 다시 다 자기가 코드 짠 뒤에, 그 코드를 다시 컴파일해서 에셋에서 바꿔치기해야됩니다.
핵이나 무단 수정은 확실히 잡는 수단이라고 생각하지만, GPU 화리때문에 국내 유저들 플레이에 상당히 제약이 생기겠네요.

+ 한 마디 추가하자면 이 문제는 유니티 버전이 올라가면서 생긴 문제가 아닙니다. 그냥 라이브러리가 바뀌면서 생긴 문제들이에요...