청와대에 주한미군 사드(THAAD·고고도미사일방어체계) 발사대 추가 반입 사실을 숨겼다는 논란에 휩싸인 국방부가 과거 참여정부 때에도 청와대를 상습적으로 기망했다는 비판을 받은 바 있다. 참여정부 시절 진행됐던 용산미군기지 이전 협상에서 국방‧외교 관료들이 청와대를 무시하고 미국을 상대로 저자세 협상을 진행했던 것이다.
2003년 11월 당시 청와대 공직기강비서실이 국방부 국방정책실, 외교부 북미국 등 대미협상의 핵심 부처 관계자들을 대상으로 조사한 보고서를 보면 당시 국방부 관료 등은 중요한 협상 결과를 대통령에게 제대로 보고하지 않은 것으로 드러났다.
보고서는 “국방부 관계자 등은 적법한 협상권한 없이 임의로 미국 측과 협상을 했다”면서 “대통령에게 기지 이전의 배경과 진행과정 등에 대해 종합적인 보고를 하지 않았다”고 당시 협상 과정에 대한 문제점을 지적했다.
당시 조사를 진행했던 이석태 변호사(전 공직기강비서관)는 30일 ‘민중의소리’와의 통화에서 “당시 조사한 저희들이 보기에는 관료들이 협상에 철저하지 못했다”며 “일종의 관성적인 것이 그대로 있었던 것 같다”고 말했다.
뿐만 아니라 당시 청와대 조사에서 외교부 간부들이 노 전 대통령과 참여정부에 대한 폄하·비난 발언을 해왔던 것으로 드러나기도 논란이 되기도 했다.
이 사건으로 결국 당시 윤영관 외교통상부 장관이 사퇴하는 등 안보외교라인이 대거 교체됐다. 당시 노 전 대통령은 이 사건에 대해 “대통령에 대한 항명”이라며 불쾌감을 표하기도 했다.
북한과 관련한 사항에 대해서도 국방부가 보고를 누락해 논란을 빚은 바 있다.
2004년 7월 국적불명의 선박이 서해 북쪽에서 북방한계선(NLL)을 침범했다가 우리 해군 함정의 경고 사격을 받고 되돌아간 사건이 있었다. 당시 북측은 핫라인을 통해 세 번이나 교신을 시도했으나, 우리 군 당국은 이를 무시하고 ‘북한 함정이 핫라인에 응답하지 않았다’고 허위 보고를 했다. 결국 하루가 지나 북한이 전화통지문을 통해 공식 항의하면서 허위보고가 들통났다.
한편, 30일 문재인 대통령은 사드 발사대 4기가 추가 설치된다는 보고를 뒤늦게 받고 비공개 반입 경위에 대한 철저한 진상조사를 지시했다.
이에 국방부는 지난 26일 국방부 현안보고 차원에서 정의용 안보실장에게 해당 사실을 보고했다고 주장했지만, 청와대 측에서는 그런 적이 없다고 밝혔다.
