1954년 이승만 대통령과 장제스 중화민국 총통의 주도로 결성된 아시아민족반공연맹의 한국 지부로 출발했다. 1964년 1월 한국반공연맹으로 개편되었다. 1989년 한국자유총연맹으로 명칭이 변경되었다.

2016년 현재 회장은 김경재이다.[1] 아시아민족반공연맹 시절부터의 수장(총재, 회장으로 불림) 중 유명 인사로는 서종철,유학성, 주영복, 안응모, 양순직, 권정달 등이 있다.

자유민주주의와 반공을 내세운 단체라고는 하나, 관변단체라는 논란이 있다. 실제로 몇몇 지부는 주민센터 건물 등에 세들어 사는 경우가 있으며, 여행자유화가 시행되기 전에는 여권을 발급받기 위해 이 단체로부터 반공교육을 받아야 했었다. 특히 종북몰이를 한다는 논란이 제기되고 있다.

이 논란이 지속되어서 2015년 국정감사 중 안전행정위원회 국감에서도 질의가 이어져서 2015년에 취임한 허준영 회장이 출석하였다. 여기서 새정치민주연합 임수경 의원이 종북세력의 허 회장의 취임사에서 언급한 "독버섯처럼 사회 곳곳에 있는 종북세력을 두더지 잡듯 때려잡겠다"이라는 발언에 대해 허 회장이 말하는 그 종북세력이 누구인지에 대해 질문을 하였고 여기에 대해 허 회장이 아주 모호한 대답으로 일관하여 분위기가 안 좋아졌다.

이후 임 의원이 "그럼 저 임수경은 종북세력입니까?" 라고 하는 질문에 "저는 사실 임수경 의원이 누구인지 잘 모르겠습니다. 연구해보겠습니다."라고 발언을 하였다.