뭔가 진 주인공이 로베스피에르가 되어버린 것 같지만 상관 없어!
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엘리스 아버지의 복수를 위해 암살단에 가입한 아르노는 그 곳에서 자신의 멘토로 로베스피에르를 만나게 된다. 로베스피에르는 청렴함과 근면함, 그리고 민중과 자유에 대한 깊은 믿음으로 암살단 내에서 존경받는 멘토였다. 약간은 방종한 귀족 문화에 물들어있던 주인공 아르노는 그의 지도를 통해 점차 암살자로서의 관점을 형성하게 된다.
당시 암살단 내부는 프랑스 혁명을 둘러싸고 여러 입장이 나뉘어 있는 상태였다. 일단 미라보를 위시한 암살단 수뇌부는 자칫 과격하게 치달을 수 있는 혁명을 온건한 방향으로 이끌기 위해 노력하고 있었고, 템플러 측은 구 왕정 체제를 수호하고자 했다. 그 과정에서 입헌 군주제라는 타협점을 놓고 엘리스의 아버지가 이끄는 템플러와 미라보의 암살단은 일시적 동맹의 가능성을 엿보고 있었다.
그러나 생 제르맹이 이끄는 신 템플러 세력이 엘리스의 아버지를 암살하자, 이러한 동맹은 금이 가기 시작한다. 템플러 세력과의 동맹이 와해되자 암살단 수뇌부는 혁명이 가져올 거대한 혼돈을 막기 위해 구 귀족세력과 연합하고, 지나친 급진 혁명 세력을 제거하는 등, 혁명을 온건 기조로 돌리기 위해 노력한다.
그러나 구체제의 모순과 악습을 누구보다도 철폐하고자 했던 로베스피에르는 이러한 암살단의 행보가 마음에 들지 않았다. 암살단 수뇌부와 로베스피에르의 갈등 사이에서 주인공 아르노 역시 방황을 겪게 된다. 여기에 엘리스로 대표되는 구 템플러 세력에 호의적인 입장이었던 미라보가 암살되자, 아르노는 공공연히 그와 대립했던 로베스피에르를 의심하고, 자신의 존경하는 멘토와 대립각을 세우게 된다.
결국 로베스피에르는 암살단의 신조를 따르기만 해서는 민중을 위할 수 없다고 판단, 고뇌 끝에 자신을 따르는 자코뱅 세력과 함께 루이 16세의 처형을 이끈다(물론 이 배후에는 부르봉 왕가를 무너뜨리고 새로운 질서를 세우고자 하는 신 템플러 세력의 뒷공작이 있었다). 이를 통해 로베스피에르는 암살단과 완전히 대립하게 된다. 여기에 결정적으로 로베스피에르의 꼭지를 돌게 만든 것은 그의 혁명 동지였던 장 폴 마라의 죽음이었다. 자코뱅 내에서도 급진파였던 마라가 시신으로 발견되자, 그는 암살단의 소행을 의심하고, 암살단과의 모든 관계를 끊게 된다.
루이 16세의 처형 이후, 프랑스는 계속되는 외국 군대의 공격과 내부의 반란으로 극단적인 혼돈에 빠져 있었다. 국민 공회의 수반으로서 로베스피에르는 조국이 처한 현실에 절망하고, 조국을 구하기 위해 수단과 방법을 가리지 않게 된다. 아르노는 비록 암살단의 일원이었지만, 비밀리에 옛 멘토를 도와 프랑스를 혼돈의 구덩이로 몰아넣던 세력을 처단하고, 질서를 회복하기 위해 최선을 다한다. 그러나 상황은 좀처럼 나아질 기미를 보이지 않았다.
그 때 로베스피에르에게 신 템플러의 그랜드마스터 생 제르맹이 접근한다. 그는 혼란으로부터 프랑스를 구하고, 인류의 진정한 해방을 위해서는 강력한 질서가 필요하다는 템플러 철학을 역설한다. 이에 로베스피에르의 국민 공회와 신 템플러 세력은 임시로 손을 잡는다. 템플러의 막강한 지원을 등에 업고 로베스피에르는 철권 통치를 통해 외국 군대를 격퇴하며, 질서를 회복한다. 그러나 그 과정에서 한 때 이상을 함께 했던 조르주 당통을 포함, 수많은 인명이 혁명의 적이라는 누명을 쓴 채 희생되었다.
엘리스의 돕기 위해 신 템플러 세력을 추적하던 도중, 아르노는 우연히 자신의 옛 멘토가 템플러들과 손을 잡았음을 알게 되고 고뇌에 빠진다. 공포정치가 심화되자 암살단은 아르노에게 로베스피에르의 영향력을 약화시킬 것을 명령하고, 그는 엘리스와 함께 로베스피에르에 대항한다. 그 결과 테르미도르 반동이 일어나 로베스피에르는 체포된다.
처형 전날, 아르노는 감옥에 갇힌 로베스피에르를 만나러 왔다가 로베스피에르와 생 제르맹의 대화를 엿듣게 된다. 생 제르맹은 로베스피에르가 이끈 공포정치가 민중 혁명의 부정적인 면을 사람들에게 각인시켰고, 템플러가 원하는 새로운 절대 권력의 출현이 임박할 것임을 상기시킨다. 그리고 마라를 살해한 것은 실은 암살단이 아니라, 템플러가 혁명의 과격성에 대해 우려를 품고 있던 샤를로트 코르데를 충동질하여 이루어진 것임을 밝힌다. 분노한 로베스피에르가 내일 단두대 앞에서 민중에게 진실을 밝히겠다고 으름장을 놓자, 제르맹은 그의 턱을 권총으로 쏘아 아무 말도 할 수 없게 만들어버린다.
로베스피에르는 예정대로 처형되고 아르노는 엘리스와 함께 생 제르맹과 신 템플러 세력에 대한 복수를 다짐한다. 그리고 유니티의 스토리 전개 대로 두 사람은 카타콤에서 생 제르맹을 대면하고, 아르노는 그를 죽이나 그 과정에서 엘리스가 사망한다.
그리고 몇 년 후, 생 제르맹이 예견한 새로운 절대 권력의 독재자 나폴레옹이 등장하여 전 유럽을 전쟁의 소용돌이로 몰아넣는다.
