파부터 완전히 달라져서 이야기가 구 극장판과 달라졌습니다.

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본작은 전작 파에서 14년 뒤의 이야기로서 불완전한 서드 임팩트로 큰 피해를 입은 세계가 배경. 이럼에도 불구하고 마리, 아스카, 신지가 나이를 안 먹는 건 에바의 저주인 듯.

네르프는 공식적으로는 해체 됐지만 실은 여전히 존재하며 포스 임팩트를 일으키려고 하는 것이 목적. 신지는 당초엔 미사토에게 구출되지만 미사토나 다른 사람들이 자신을 미워한다는 것을 눈치채고 레이와 함께 네르프로 도주. 네르프 측 파일럿은 카오루, 레이, 신지이며 네르프측 사령관은 겐도, 후유츠키이다.

한편 미사토, 리츠코 팀은 네르프를 타도하고 에바를 파괴하고 포스 임팩트를 막기 위해 조직 'WILL E'를 설립한다. 이쪽의 주력은 에바 2기와 전함 분더. 45세의 카츠라기 미사토 대령이 함장. 등장할 때 음악은 나디아의 노틸러스 테마.

스즈하라 토우지의 여동생인 스즈하라 사쿠라(성우는 사와시로 미유키)도 여기 소속, 본작의 신캐릭터 중 하나이다. 이 외에도 신캐릭터가 많이 나온다. 아스카, 마리는 빌레 소속으로 조직에서 아스카의 통칭은 '공주 (히메)' 마리도 아스카를 이렇게 부른다. 마리나 아스카는 신체 나이는 그대로지만 정신적으로는 14년의 세월을 그대로 보낸듯.

초호기에서 나온 신지는 14년이 지났단 사실과 서드 임팩트 이후의 세계가 어떻게 되었는지를 알고 절망하지만 카오루는 2개의 창과 에바 13호기가 있다면 세계를 원래대로 되돌릴 수 있다며 신지를 위로한다. 이후 둘은 13호기에 탑승한다. 13호기는 더블 엔트리플러그 시스템으로 2인승이다.

중간에 신지, 카오루, 레이 VS 아스카, 마리의 전투신이 있다. 아스카가 코드 777을 사용해서 비스트 모드 발동. 

카오루와 신지, 레이는 롱기누스의 창과 카시우스의 창을 뽑으러 가지만 두 창은 모두 롱기누스의 창으로 뽑으면 안 되는 것이었는데 신지는 뽑으면 모든 것이 원래대로 돌아갈 거라고 생각하며 뽑아버린다. 결국 또 포스 임팩트가 일어나려하자 미사토는 신지의 목걸이에 장착한 폭탄으로 신지를 죽여서 임팩트를 막으려 하지만 카오루가 신지를 구하기 위해서 목걸이를 자신이 걸고 사망. 카오루는 굉장히 처참하게 죽는다. 신지랑 같은 콕핏에 있기 때문에 신지의 눈 바로 앞에서 파열.

마지막엔 살아남은 신지와 아스카,레이가 같이 걸으면서 끝. 아스카가 충격먹고 정신줄을 놓은 신지에게 "어쩔 수 없다니까 바보 신지." 라면서 손을 잡아서 이끌어준다. 그것으로 엔딩.

레이의 비중은 별로 없으며 카오루와 아스카가 메인이다. 신지와 카오루의 BL 장면이 많다. 이번에 나오는 레이는 파에 나온 레이와 다른 인격으로 파에 나왔던 레이는 신지와 융합했다는 얘기가 나오나 자세한 건 불명.

카지,토우지,켄스케,반장은 나오지 않으며 카오루가 겐도를 '리린의 왕' 이라고 부른다. 신 캐릭터 성우는 사와시로 미유키, 이세 마리야, 오오츠카 아키오. 나디아의 BGM이 많이 재탕되었다.

새로운 기체로는 신지와 카오루가 조종하는 에바 13호기, 레이가 조종하는 에바 마크 9 - 별칭 아담스의 그릇, 마리가 조종하는 에바 8호기, 아스카가 조종하는 에바 이호기 改 등이 나온다. 13호기는 복좌식에 눈이 4개이며 판넬 같은 걸 사용.9호기는 사신의 낫이 무기.